宅基地补偿不合理指农民宅基地使用权补偿方面，由于没有统一标准，实践中各地对农村宅基地使用权被征收，农民是否应获得补偿，或者应该获得怎样的补偿作法不一，从而埋下补偿纠纷隐患。补偿程序不规范主要表现为补偿方式由政府单方定价，拆迁补偿价格与市场价格相去甚远;强制拆迁演化为野蛮拆迁;补偿救济的不公正等方面。
农民宅基地使用权补偿
宅基地使用权是用益物权，由农民以户为单位享有。在宅基地征收过程中，因政府的征收行政行为造成各种权利的消失或损害，都要给予权利主体以充分补偿。这样才能使各种权利得以公平的体现，避免对权利的歧视。因此，农民因土地征收而导致的宅基地使用权消失，应得到补偿。
对农民宅基地使用权的消失可采取重新安排被拆迁人宅基地和货币补偿的方式。对于有条件的农民集体。应鼓励由所在村组重新安排被拆迁人的宅基地，供原宅基地使用权人自建房屋。对于所在村组安排宅基地确实有困难的，为了充分保障宅基地使用权人的权益，要及时予以补助和安排。
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补偿程序正当性
程序公正方能保证实体公正。公正的程序要求征地利益相关人特别是农民的知情权、参与权、救济权等。因此，为了确保被拆迁人对拆迁程序的参与权利，在拆迁活动的关键环节如立项、规划等环节，引入听证制度。同时，对过渡期内农民的安置问题做出更具体的规定，确保拆迁人在具备安置条件的情况下才能开始拆迁。而强制拆迁手段应该视为“最后手段”;赋予农民作为被拆迁人时的诉讼主体资格，使农民能够通过诉讼获得司法救济。当拆迁人与拆迁人之间，对有关补偿安置协议履行中的纠纷，应以对方为被告向法院提起民事诉讼;如果是对政府有关部门的具体行政行为不服，可以向它的上级主管机关提起行政复议，也可以直接向人民法院提起行政诉讼。针对农民的法律知识薄弱的现状，为保障农民一系列权利的视线，政府应加大对农民的法律知识教育，安排专门人员为农民提供法律指导、法律咨询和法律援助，引导他们通过正当、合法的途径解决纠纷。
