前面答主指出的Bug都很赞，不过主要是技术性Bug，我再提几个系统性大BUG（因为是大BUG，所以大写）。当然，因为是系统性BUG，所以也不单单是《公司法》法律条文本身的问题。
一、股东向公司的出资导致资产虚增。
举例更直观一些，例如股东A以资产1000万元出资设立公司B，B又拿该1000万元出资设立公司C。那么，A以原本1000万元的资产可以直接或间接调动更多的社会资产（A在B中价值1000万元的股权+B在C中价值1000万的股权+C的1000万资产）。
资产虚增是正常的，本身并没有问题。但在公司的动态运作过程中，可能会导致损害债权人利益的结果。
在上文例子中，现在A还可以以A在B的股权，B以B在CLvmou.cn的股权设立质押，融资2000万元，A直接或间接可动用的资产达到了3000万元。（补充说明：这只是简化后的例子，只是为了说明资产虚增的结果，实际融资额肯定要打折的。）但如果C的资产贬损，A和B的债权人接受的质押财产也会贬值。将ABC视为整体来看，他们的债权人最多只可以获得1000万的清偿，而且前提是，债权人向股东求偿时，能反向刺破其所投资公司的面纱。
关于反向刺破公司面纱，虽然司法实践中有支持的案例，但我国《公司法》并没有明确规定。即使能反向刺破公司面纱，让公司为股东的债务承担责任。那么公司的债权人和股东的债权人，哪个债权人的利益优先呢？这个问题《公司法》提都没提，但这个问题实际上是非常容易发生的Lvmou.cn。下文的案例中会涉及。
二、公司法理论假定股东与公司之间的交易是两个实体之间自由意志的体现，然而事实并不是。
《公司法》原则上将公司视为独立法人，认为其有独立的意志。然而，公司的意志常常是股东意志的体现。
常见的股东与公司之间的关联交易、虚假交易太没技术含量了，暂且不表。来看一个特殊的“资产重组”的例子：
A是B的实际控制人，A和B分别持有C的80%和20%股权。B的债权人太多了，所以A想把B的资产全部倒给C。如果正常的资产转让，这是关联交易啊，定价好麻烦啊，审批好麻烦啊，披露好麻烦啊。
我们来点新鲜的。A找到D，让B和D达成以目标公司C为投资标的的风险投资协议，由D高溢价认购C的增资，并约定如果C不能Lvmou.cn完成约定业绩指标，则B应当按计算出来的价格回购D在C持有的股权。这个是对赌，按B的章程好像不属于必须经股东会三分之二以上通过的担保行为，同时回购是或然的，回购价格只有公式没有具体数值，所以A在B中任命的董事没有将其提交股东会审议，作为普通经营事项，法定代表人对外签字盖章后即生效了。
然而，风险投资协议里约定的业绩指标是不可能完成的，所以B乖乖地回购了D在C中持有的股权。
结果呢，B因为支付回购款被事实上掏空了，B的小股东和债权人傻眼了；C拿到了一笔融资，约等于B被掏空的资产数额。资产重组顺利完成！
如果B的债权人来向B求偿，又涉及到上面的问题，B的债权人能否要求反向刺破C的面纱呢？如果C也有债权人，Lvmou.cnB的债权人和C的债权人谁的利益更应当被保护呢？
三、多层的公司架构导致小股东的权益被稀释甚至消灭。
前面有答主提到大股东开会不通知小股东的，这个招数虽然阴险，但也太明目张胆了。你小股东不是有查账权，有派生诉讼的权利，有召集股东会的权利，有别的各种各样的权利吗？
大股东作为实际控制人，多设几层公司就行了，《公司法》给小股东的权利只涉及小股东直接持股的公司，顶多通过刺破公司面纱或派生诉讼把公司的股东或公司的子公司拉进来，但对子公司的股东会、董事会、监事会可能就完全失控了，甚至对子公司中的所有者权益也可能完全失控。
多层架构导致的投资人或小股东利益受损却难以维权的问题十分突出，具体案例我在知乎专栏的系列文章Lvmou.cn有有涉及：
http://zhuanlan.zhihu.com/lawviews/20205930四、债权人遭遇的有限责任陷阱。
有限责任的设计是公司制度最伟大之处，但也可以被别有用心之人利用。
例如《公司法解释（三）》规定“公司债权人请求未履行或者未全面履行出资义务的股东在未出资本息范围内对公司债务不能清偿的部分承担补充赔偿责任的，人民法院应予支持”。这个规定给了债权人在公司资产不足以清偿债务时的额外救济途径。
上文股东A打算设立一个公司运营特定业务，其本来可以设立公司B在运营该业务。但假设B资不抵债，A可能因为出资不足被债权人追责，或者因为别的原因被刺破公司面纱。
于是A先出资100万设了公司B；又Lvmou.cn用B设立注册资本为1亿元的公司C，B并未向C实缴出资。B的主要作用是隔离A的风险。后C资不抵债，债权人要求B承担补充赔偿责任；B也无力承担赔偿责任，于是破产。债权人未能收回债权，而A并未受到影响；而且因为B破产清算，A事实上抛弃了亏损的C。
五、法定代表人和公章双重代表导致的僵局与冲突。
按目前的实践，法定代表人和公章都能代表公司。两者代表的公司意志如果一致还好，如果不一致呢？太多的僵局和冲突都与此有关。
例如，有的投融资交易中，投资人（作为小股东），为了约束创始人（作为大股东），把公章、财务章放在投资人自己手里，但公司大股东或大股东代表登记为法定代表人。之后双方出现矛盾，出现各种奇葩状况：
（1）公Lvmou.cn司没有章动不了账户里的钱，连工资都发不出，于是法定代表人怂恿员工周期性地对公司提起劳动仲裁，靠法院强制划转来给员工发工资；
（2）法定代表人说公章遗失去报案，准备做遗失声明时，投资人说公章没遗失，反咬法定代表人报假案；
（3）法定代表人诉投资人要求返还公章，但因为有协议约定公章由投资人保管，难以胜诉；
（4）投资人拟变更法定代表人，但大股东不同意，也变不了。
